自2013年6月17日起福建检验检疫局和厦门海关对共同管辖的进出境法定检验检疫货物实施通关单无纸化模式。至此，福建检验检疫局实施通关单无纸化通关模式将覆盖福建省全部口岸。
通关单无纸化通关模式是以关检部门通关单联网核查系统为平台，采取电子数据替代纸质通关单的流转，对符合条件的进出境法定检验检疫货物。海关凭福建检验检疫局发送的通关单电子数据，直接为进出口企业办理货物通关手续。实施该模式，企业在向检验检疫机构申报并办理完结检验检疫手续后，无须再到检验检疫机构窗口申领纸质通关单，可直接凭通关单电子数据向报关地海关申报，减少企业往返，为企业节省时间和费用。
从2011年8月8日首批3家企业试点通关单无纸化通关模式，到2013年5月1日福建检验检疫局和福州海关同一管辖区域内的进出境货物实施通关单无纸化通关模式。从 2012年6月19日福建口岸出口货物全面实施直通放行，到此次的同厦门海关对共同管辖的进出境法定检验检疫货物实施通关单无纸化模式。福建检验检疫局始终贯彻全省通关便利化现场会精神，不断提升通关便利化水平。
2013年至今福州地区报检从厦门口岸出口的货物共18930批，10.3亿美元。据此数据估算，今年下半年可为福州地区500余家从厦门口岸出口货物的企业节省60000小时的通关时间和600万元的代理费、路费、单证费等各种费用。（福州检验检疫局）
