马尾-马祖“两马”直航开通于2001年1月，在两岸直航对台经贸交流中创造了多个全国“第一”，具有里程碑意义。但受“大三通”影响，福州“两马”航线旅客逐年减少，2010年客流量比减35.8%，2011年比减36.4%，2012年比减39.1%,今年1-7月，进出港旅客17622人次，同比减少27.9%，与我省其他对台口岸进出港旅客全部增长形成了鲜明对比。
该航线客运人员往来减少的主要原因：一是两岸“大三通”后，分流了经马祖往来于台湾本岛的大部分旅客，“两马”航线客流量锐减。该航线在两岸“大三通”前是福州经马祖至台湾本岛的两岸人员往来的交通便捷通道，目前仅成为方便福州-马祖乡亲日常往来和前往马祖旅游的通道。二是马尾-马祖往返船票费用较高约需1120元人民币，加上马祖前往台湾本岛的空中航班少，受天气影响大，选择马尾经马祖去台湾本岛的旅行线路时间长、费用高，因此人员很少。三是旅游业发展不够。马祖列岛中的南竿、北竿、东引、莒光等主要岛屿的地理、生态环境与福建类似，旅游资源的宣传、开发和接待能力等需要提升。
为维持航线运营，福州市每年补贴我方“两马”航运业主300万元人民币。台方航运业主每月亏损约20-30万元人民币，7月份台方的台湾大和航业和长亿航业曾提出停航意向。
对此，建议：一是考虑该航线以发展旅游业为主，两岸双方共同努力，提供更多便利及优惠措施，如提供更便捷的赴台手续，为船舶承运人和游客予以补贴，培育旅游航线等，吸引台湾方面业者继续保留经营好这一航线。二是突出航线特色，可通过航线延伸服务，结合旅游、“自由行”、团队性交流等，真正激发航线吸引力。三是加大旅游业宣传力度，积极组团，为旅游团队提供帮扶措施。
